Проверку выполнения министерством федеральных целевых программ (ФЦП) инициировала министр образования и науки Ольга Васильева, которая попросила Генпрокуратуру провести ревизию расходования указанным департаментом бюджетных средств и процедуру заключения и расторжения государственных контрактов.
В ответе первого заместителя генпрокурора Александра Буксмана о результатах проведенной проверки отмечается, что в работе департамента были допущены нарушения при реализации двух ФЦП. Из-за действий экс-директора департамента Сергея Салихова и его зама Алексея Антропова похищено порядка 53 млн рублей бюджетных средств, предназначавшихся МФТИ для создания устройств дистанционной беспроводной диагностики. Еще 74 млн рублей департамент выплатил компаниям, с которыми в итоге расторг соглашения о предоставлении субсидий из-за некачественной работы.
Обнаружился ряд нарушений и при формировании научно-координационного совета программы «Исследования и разработки».
Генпрокуратура потребовала от Минобрнауки принять меры для возврата денег в федеральный бюджет по расторгнутым соглашениям, организовать контроль над расходованием средств и соблюдением законодательства о госзакупках.