Как рассказал «Росбалту» источник, знакомый с ситуацией, в новых обвинениях, предъявленных Калитину, сказано, что он «дал взятку через посредника должностным лицам Министерства обороны РФ в виде денежных средств в особо крупном размере на общую сумму не менее 648 млн рублей». Следствие это расценивает как деяния, подпадающие под статью 291 УК РФ (дача взятки). Причем, судя по дальнейшим обвинениям в хищениях (статья 159 УК РФ), астрономическая сумма была передана военным в рекордно короткие сроки. Поскольку следствие полагает, что сам Калитин занимался хищениями государственных бюджетных средств в Москве и Санкт-Петербурге только с февраля по июнь 2015 года.
В связи с проверкой воровства из казны Минобороны Калитин стал одним из первых, к кому возникли вопросы у сотрудников ФСБ. Произошло этой еще весной 2017 года. Однако, по версии следствия, бизнесмен поначалу оказывал активное противодействие расследованию и угрожал расправой свидетелям по этому делу. Поэтому его сначала задержали, а потом арестовали в Санкт-Петербурге. В СИЗО Калитин согласился сотрудничать и подал заявление на заключение досудебного соглашения. После того как сделка со следствием была оформлена, ему даже изменили меру пресечения на домашний арест. Но Калитин ограничительные меры постоянно нарушал – покидал жилплощадь и общался с внешним миром, поэтому суд вновь отправил его в СИЗО.
Согласно показаниям, которые дал Калитин, он передавал чиновникам Минобороны огромные суммы. Взамен его фирмы исправно снабжались миллиардными контрактами на поставку кухонь, пекарен, цистерн и различной техники. Изучив эти сведения, сотрудники ФСБ и СКР сочли их достоверными, после чего начались аресты. 
По версии следствия, чиновники оборонного ведомства, действуя в составе организованной преступной группы, способствовали структурам Алексея Калитина в получении выгодных государственных заказов. За свои услуги военные получали гигантские «откаты». В свою очередь сам Калитин и его партнеры завышали цены на товары и услуги и похищали значительную часть получаемых бюджетных средств.