Широкую известность Квачков получил в 2005 году, когда ему предъявили обвинение в покушении на одного из наиболее влиятельных людей в российской власти 1990-2000-х годов, ныне главу "Роснано" Анатолия Чубайса. По пути следования машины Чубайса в Одинцовском районе Подмосковья была взорвана бомба, а машины кортежа были обстреляны. Никто не погиб. В 2010 году суд присяжных оправдал Квачкова и его сообщников по этому делу.
Но уже через день Квачкова арестовали по новому делу о подготовке вооруженного мятежа. По версии следствия, пока отставной полковник представал перед второй коллегией присяжных, он параллельно разрабатывал план вооруженного восстания, которое, по его задумке, должно было начаться во Владимирской области — в Коврове. Там предполагалось захватить воинскую часть, а также здания МВД, ФСБ и МЧС. Оружие из них перешло бы в руки повстанцев, которые затем должны были двинуться на Москву — как Минин и Пожарский в 1612 году, при этом совершая по пути террористические акты.
В феврале 2013 года Мосгорсуд приговорил его к 13 годам лишения свободы, а Верховный суд позже смягчил приговор до 8 лет. В августе 2017-го к этому сроку прибавилось еще 1,5 года — такое наказание Приволжский окружной военный суд назначил Квачкову за экстремистское видеообращение, записанное на мобильный телефон и переданное за пределы колонии. В декабре 2017 года Верховный суд утвердил этот приговор.
По времени освобождение Владимира Квачкова совпадает с 30-летием (15 февраля) вывода советских войск из Афганистана, где он принимал участие в боевых действиях в должности командира отряда спецназа. Сразу после вывода войск он получил под командование прославившуюся в афганской кампании 15-ю бригаду спецназа ГРУ, сохранил ее от расформирования, а позже с ней участвовал в боевых действиях уже в Таджикистане.
Известно также, что полковник Квачков не раз назывался в различных источниках одним из организаторов знаменитой операции «Охота на волков», проведенной федеральными войсками под Грозным в 2000 году. Тогда были уничтожены сразу несколько крупных полевых командиров, а Шамиль Басаев потерял ногу. За свои боевые заслуги Владимир Квачков был награжден двумя орденами Мужества и орденом Красной Звезды, сообщает «Коммерсантъ».